L'activité du port de la Houle a considérablement augmenté lorsque les marins cancalais se lancent dans la pêche morutière sur les bancs de Terre-Neuve autour de 1850. Le besoin d'un feu réglementant le trafic mène les Ponts et chaussées à étudier la construction d'un phare à partir de 1858. L'ingénieur Bellinger rédige le projet définitif en 1859. Le feu de port est prévu sur le rocher de la Fenêtre fermant le port au nord-est. La maison du gardien et son magasin sont prévus à l'extrémité est du quai Hallais (actuel quai de l'administrateur en chef Thomas), faisant l'angle avec la future rue des Parcs ; le terrain de Madame Juliette Duchesne est acheté dans ce but le 4 juin 1860. La construction de l'ensemble, confié à l'entrepreneur malouin Pierre Raffray, est terminée en 1863 et le 1er mars le feu rouge marque l'entrée du port de la Houle.
En 1913, la lampe à huile est changée pour une lampe à incandescence à filament métallique d'éclat plus puissant. Le feu devient vert pour se mettre en accord avec la réglementation internationale. Le prolongement de la jetée de la Fenêtre en 1936 marque la fin de la carrière du phare ; il sert désormais d'amer depuis qu'un fanal a été installé sur le musoir de la jetée.
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